Знаки препинания в сложноподчинённом предложении с одним придаточным (основное правило)
 
 
1. Придаточное предложение от главного отделяется запятыми:
Примечание. Главная часть выделена жирным шрифтом.
 
 
2. Чтобы правильно расставить знаки препинания, необходимо  предварительно разобрать простые предложения в составе  сложноподчинённого. Это поможет точно установить границы главного  предложения и придаточного предложения. При этом удобно использовать  вертикальные черты, демонстрирующие границы простых предложений, с  соответствующими номерами: 1В том, /2что деньги пропали, /1уже никто не сомневался . Простые предложения: 1в том уже никто не сомневался; 2деньги пропали; подчинительный союз что.
 
3. Подчинительный союз или союзное слово обычно стоит в самом начале придаточного предложения. Исключение составляет союз ли, который стоит в середине придаточного предложения: 1Я не знаю, /2придёт ли он завтра.
 
Иногда в середине придаточного может стоять и союзное слово: 1В доме старались не говорить о Пете, /2смерть которого так потрясла всех.
 
4. Не ставится запятая между главным и следующим за ним придаточным предложением в следующих случаях:
- если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не: Попытайтесь выяснить не что они уже сделали, а что они собираются ещё сделать; 
- если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз (обычно повторяющийся): Учтите и что он сказал, и как он это сделал; 
- если придаточное предложение состоит из одного только союзного слова: Он ушёл и не сказал куда. 
 
5. Если придаточное предложение соединено с главным при помощи составного союза (благодаря тому что, ввиду того что, потому что, для того чтобы, после того как, с тех пор как, прежде чем и др.), то запятая ставится один раз: перед союзом, если придаточное  следует за главным или находится внутри него, и, чаще, после всего  придаточного предложения, если оно предшествует главному: Яблони пропали, оттого что мыши объели всю кору кругом; После того как началась война, остановка цехов на сутки, естественно, оказалась невозможной.
 
Однако в зависимости от смысла и интонации и других условий союз  может распадаться на две части: первая входит в состав главного  предложения как указательное слово, а вторая выполняет роль союза. В  этих случаях запятая ставится только перед второй частью сочетания (то  есть перед союзом что, чтобы, как, чем): Он не пришёл, потому что был в отъезде (упор в сообщении делается на самом факте неявки, причина её не подчеркивается); Он не пришёл потому, что был в отъезде (на первый план выдвигается указание на причину неявки). См. подробно: 
Дополнительно:
Источник:
Дополнительно на Геноне: