Почему при переводе по системе Яндекс.Деньги со счета списывается больше денег, чем переводится?

При переводе денег между счетами в системе Яндекс.Деньги взимается комиссия в размере 0,5%. При оплате счетов, выставленных интернет-магазинами система Яндекс.Деньги не взимает комиссию с покупателя.

Сумма комиссии за перевод денег удерживается с отправителя и исчисляется от суммы, которая заявлена к оплате. Например, в случае перевода суммы 1000 руб., со счета будет списано 1005 руб. 03 коп., поскольку 1005,03×99,5% = 1000 руб.

Для удобства пользователей в интерфейсе системы предлагается два варианта указания переводимой суммы:

• сумма, которая должна быть зачислена получатели — тогда система сама рассчитывает комиссию и списывает со счета отправителя сумму вместе с комиссионными;
• сумма, которая должна быть отправлена — в этом случае комиссия списывается из этой суммы и по получателя дойдет только 99,5% отправленной суммы.

Источник: 

• money.yandex.ru — справочная система Яндекс.Денег

Дополнительно на Геноне:

• Что такое «Яндекс.Деньги»?