Слово «кофе» можно употреблять в разговорной речи как существительное среднего рода. Указание на допустимость такого употребления находим еще в словарях  1970—80-х гг. (см., например: Л.И. Скворцов. Правильно ли мы говорим по-русски? М., 1980).
 
Необходимо подчеркнуть: средний род слова кофе (и раньше, и сейчас) — допустимое разговорное употребление; согласно строгой литературной норме слово кофе (и раньше, и сейчас) — существительное мужского рода.
Русский лингвист,  создатель первой стилистической грамматики русского языка В.И. Чернышев  писал в начале 20 века: «Иностранные, несклоняющиеся слова на -а, -е,  -и, -о, -у, означающие предметы неодушевленные единственного числа,  употребляются обычно в среднем роде». Среди приведенных им примеров есть  и «черное кофе». Но далее В.И. Чернышев пишет, что некоторые авторы  предпочитают употреблять такие слова в мужском роде согласно с  французским языком, из которого они были заимствованы. Так, у  Ф.М. Достоевского можно встретить: «…прихлебывал свой кофе», а у  А.С. Пушкина: «…свой кофе выпивал». Да и сам Чернышев склоняется на  сторону классиков.
 
В словарях, учебных пособиях род слова «кофе» всегда сопровождался  специальными пометками. Толковый словарь русского языка под редакцией  Д.Н. Ушакова рекомендовал мужской род, но при этом не исключался и средний  (предлагаемый в качестве разговорного варианта).
 
Словарь С.И. Ожегова  долго рекомендовал употреблять это слово в мужском роде.  Между тем и форма среднего рода не была забыта.
 
Словарь-справочник К.С.  Горбачевича указывает, что «в современной разговорной речи широко  встречается употребление слова «кофе» в среднем роде».
Источники:
Дополнительно на Геноне: